Действие игры разворачивается в 2016 году. Террористическая группировка захватывает самолет, на котором находится кандидат в президенты США - явный претендент на победу в грядущих выборах. В обмен на жизнь будущего президента террористы требуют передать им всю информацию по проекту с кодовым названием «Пифагор» (Pythagoras), работы над которым ведутся неизвестным сообществом на острове Лобито (Lobito Island). Агенту Солиду Снэйку предстоит выяснить кто стоит за проектом «Пифагор», что этот проект собой представляет и почему в нем так заинтересованы террористы. Снэйк должен пробраться на хорошо охраняемую базу острова Лобито и выкрасть «Пифагор», чем бы он ни являлся.
